« Chère Hulotte, Permets-moi de t’adresser un tout petit reproche à propos de l’admirable numéro 68/69 consacré à la Taupe : nulle part n’y figure la moindre allusion à deux termes d’argot scolaire qui sont pourtant chers au cœur de générations de savants français : la Taupe (autrement dit math’spé, classe préparatoire aux « grandes (?) » écoles scientifiques) et les Taupins (élèves de ladite classe). Je ne sais au juste quelle est l’origine de ces mots, mais j’imagine qu’ils ont été créés pour évoquer des garçons lunetteux (myopes comme des taupes !) travailleurs acharnés (ils sont censés remonter à la surface, lors des concours, des tonnes de connaissances…), enfouis pendant un ou deux ans, sans jamais sortir prendre l’air, dans le labyrinthe des maths et de la physique ! » A.-M. Chanet
Il est vrai que pour les mots « Taupe » et « Taupin » dans le sens que vous évoquez, on s’imagine volontiers un lien avec la vie presque souterraine et laborieuse de garçons rendus myopes par leurs nombreuses et savantes lectures. Pourtant l’origine réelle de ces mots est tout autre. A lire l’excellent Dictionnaire historique de la langue française (dirigé par Alain Rey, chez Robert), c’est en remontant au XVème siècle que l’on comprend le glissement de sens progressif qui a abouti à cette expression : à cette époque, un taupin était le « mineur qui sape les murs d’une ville ». Taupin a désigné à la fin du XIXème siècle (1886) un soldat du génie, poseur de mines. Par ailleurs, les officiers du Génie étant  issus de Polytechnique, le mot «Taupin » a évolué vers le sens d’« élève se préparant à Polytechnique (1841), avant de se dire de tout élève de mathématique spéciales ». D’où « Taupe » pour désigner l’ensemble de ces taupins (1888), et (signification datée de 1932), classe de mathématiques spéciales (d’où « hypo-taupe » pour la classe de maths -sup, qui y prépare). Le rapport avec la taupe est donc lointain, lié au travail souterrain de ces soldats de génie poseurs de mines.